Date : 2021-11-23_Tue微信公众号 : 北野茶缸子Tags : #好物分享 #其他话题/论文 #软件/readpaper参考： 首页-论文阅读(BETA)-专业的学术讨论社区-粤港澳大湾区数字经济研究院（福田） (http://readpaper.com)[1]我们自己做的在线论文阅读神器ReadPaper【硕博科研学术文献综述必备】[2]

前言

我已经很久没有这么兴奋了。上一次还是：好物分享第六弹——让zotero成为你的文献图书馆 (qq.com)

至于要说为什么的话，终于有一款软件站出来尝试打通学术知识的搜索-管理-阅读-分享过程了，并且，还是一款国人的软件。

这款软件，正如官方介绍的那样：

Readpaper 是一个新上线的免费学术社区，旨在为科研工作者提供好用的科研工具以及交流平台，功能包括论文搜索、文献管理、在线笔记与学术讨论。每篇论文都应该有自己的社区，科研不易，ReadPaper希望为一代代科研人铺设进阶之路。

下面我们就来了解一下吧。

1-搜索

比如我想搜索这篇文章：

Multi-Omics Immuno-Oncology Biological Research to Decode Tumor Microenvironment and Signatures

返回的搜索结果非常的小清新：

这里显示有pdf 的搜索结果，就表示文章在readpaper数据库是有收录的。我们可以直接阅读。

这里我有些好奇他们的文章获取来源：

每天更新Arxiv最新论文 丰富的论文相关信息（引用/被引用情况、引用格式、doi信息、会议期刊信息……）

可惜仅仅只是预印本上的内容。

比如这篇Frontiers in Oncology 上的文章： Multi-omics profiling of the tumor microenvironment: Paving the way to precision immuno-oncology (http://readpaper.com)[3]

就没法获取了。

这里我觉得可以模仿一下Welcome to Unpaywall | Unpaywall[4]： 用于获取全文公开的数据库中的文章，也应该没有版权方面的问题。

对于readpaper 没有收录的论文，你可以选择手动上传：

2-管理

在搜索结果中，我们可以直接将感兴趣的文章直接收藏并添加标签的：

除此之外，还可以点击个人头像：

进行二次标签管理，以及备注说明：

ps：这个备注展开显示很赞。

以及批量的文献处理：

我们可以点击论文集模式进入类似文件夹操作的界面，

从而查看不同分类下的文章：

另外，当我们需要删除整个标签时，移除的仅仅只是标签，论文并不会因此受到影响。

ps：文章是可以贴上不同的标签的。

你可能发现上面的小组按钮了，这里我们先按下不表。

3-阅读

在B站的宣传视频里，最吸引我眼球的就是这个阅读了。

这里我们直接点击需要阅读的文献：

就会进入阅读界面了：

这里我们从右到左开始介绍。

3.1-功能菜单

通常我们在阅读文章的时候，如果是直接pdf 阅读，想要查看参考文献与文章被引非常的麻烦。

比如参考文献，我一般的策略是打开两个pdf，一个直接拉到最后的Reference，再把感兴趣的引用文章名称复制到谷歌学术。非常麻烦。而被引，则更加不方便，一般还得使用web of science 这种专业的搜索引擎才能解决。

这里可以直接点击相关的文章，可以直接跳转到相关的readpaper界面：

这里我建议官方增加跳转到论文所在发表期刊的网页链接，毕竟发表在预印本上的文章并不是占多数，尤其是医学与生命科学的领域。

其实这里的链接在readpaper 并没有收录文章的情况下略显鸡肋，真正精彩的还在正文的阅读中。

其他部分还包括笔记与问答。

笔记部分记录了在正文中划线句所在的页面、划线句所在的位置、划线段落添加的笔记：

令人惊喜的是，这里的笔记是支持md 语法的，当你编辑完毕后，点击页面其他位置：

只不过目前的颜色并没有很好的适配：

当你点击笔记的时候，炫酷的一幕就发生了，可是实现笔记与文章段落的定位：

妈妈再也不用担心我找不到笔记的位置了。

此外还添加了问答的界面：

你可以在这里查看其他用户关于这篇文章的讨论。

此外，在文章所在的主页，也有专门的笔记与问答收录界面：

除此之外，功能菜单中也有图标提取的选项，对应上面主页中的内容：

只不过，功能菜单中添加了关于figure 的描述文字，可以方便我们快速定位，以及将图片复制到ppt 或笔记中用于总结或是分享。

3.2-主阅读界面

这里直接参考：帮助文档-论文阅读(BETA)-专业的学术讨论社区-粤港澳大湾区数字经济研究院（福田） (http://readpaper.com)[5]

readpaper 的功能主要分成两个部分：滑动操作与底部操作选项栏。

3.2.1-滑动操作

readpaper 提供了滑动操作的功能：

跳出来的操作选项分别为：

中英翻译设置笔记颜色添加笔记

滑动即所得的翻译：

通过设置不同的笔记颜色，我们还可以分配不同的笔记类型，比如蓝色对应方法，红色对应展望等等，后期按照颜色设计规则进行选择：

3.2.2-底部操作栏

几个按钮的功能依次是：

全屏模式隐藏全文标记撤回、重做截图全文查找

这里我想主要提一下全文查找。

不同于一般的pdf 检索，readpaper 会将全部匹配结果的上下文显示在功能菜单中：

并且标记出对应匹配结果所在的页面，当你点击相应搜索结果后会实现内容的跳转。

3.2.3-增强效果的pdf阅读器

这里的引用标签并没有被我手动高亮出来：

实际上，这是readpaper 自动识别的，当你鼠标点击对应引文的时候，精彩的就来了：

通过阅读该篇引文的摘要，你可以直接收藏该文章并添加相关的标签，你也可以点击标题进入相应文章的readpaper 界面。

还记得我开头说的困境吗？

比如参考文献，我一般的策略是打开两个pdf，一个直接拉到最后的Reference，再把感兴趣的引用文章名称复制到谷歌学术。非常麻烦。

直接结合上下文以及这篇引文的摘要，直接一键搞定全部。

此外，当我们的鼠标滑动至高亮内容（笔记）的相关段落上方时，会自动跳出在该段落进行的记录。

3.3-预览菜单

左侧的预览菜单就比较常规了：

可以调整菜单模式与预览模式，如果觉得显示不全，可以通过拖拽连接部分，调整大小；或是上方红色箭头，将该菜单收起。

点击菜单中的内容，会跳转到相应位置，并高亮该标题的结果：

3.4-调整视窗

当你的鼠标停留在阅读界面的三个主要部分的连接部分时，是可以对其进行拖拽，调整大小：

3.5-论文速读

这里我们再回到文章的主页：IOBR: Multi-omics Immuno-Oncology Biological Research to decode tumor microenvironment and signatures (http://readpaper.com)[6]

往下拉拽，会发现readpaper 设计了一个论文速读的界面：

包括十个内容：

Q1 论文试图解决什么问题? Q2 这是否是一个新的问题? Q3 这篇文章要验证一个什么科学假设? Q4 有哪些相关研究?如何归类?谁是这一课题在领域内值得关注的研究员? Q5 论文中提到的解决方案之关键是什么? Q6 论文中的实验是如何设计的? Q7 用于定量评估的数据集是什么?代码有没有开源? Q8 论文中的实验及结果有没有很好地支持需要验证的科学假设? Q9 这篇论文到底有什么贡献? Q10 下一步呢?有什么工作可以继续深入

打开回答页面后，除了上面的十答以外，还有摘要的翻译任务：

不过这里我发现readpaper 是没有设置审核机制的，这也就意味着你填写的任何信息提交后都可以显示给其他全体用户：

4-分享

在你的主界面，是有小组选项的：

当你加入其他小组后，就可以进入相应的小组界面：

对于开放获取的文章，我们可以直接阅读。

而对于其他人上传的非readpaper 收录的文章，则需要我们再手动上传相应的文章，从而获取权限。

通过其网页的声明[7]，可以看出也是非常的谨慎的：

当你上传相同的文章后，就会显示解锁的标记：

此时的文章上也会加上标记：

在小组中，和个人界面一样，我们也是可以给论文设置与添加分类标签的：

而在讨论区中，还可以将讨论内容关联相关论文，方便沟通：

也欢迎大家加入我的小组： https://readpaper.com/team/invite/625232135238283264

我发现一个超有用的生物信息学小组，来加入小组一起学习吧

我也把它放在了阅读原文里。

根据官方的说法，目前的小组成员上限为200人，我觉得对于一个文献阅读小组来说，完全是足够了。

5-其他一些骚操作

5.1-回到过去

当我们点击菜单结果或搜索结果后，阅读完毕，可以直接点击页面下方多出来的回到刚才位置：

5.2-批量上传

对于zotero 这种文献管理工具来说，我们可以直接批量导出其中的内容：

接着直接将导出的文件夹上传到readpaper，其不仅会智能去重，还可以帮我们批量并遍历文件夹及子文件夹下的全部pdf 格式文件进行上传：

5.3-保留原先笔记高亮

与其说是我们的骚操作，倒不如说归功于readpaper 本身的强大：

按照我们一般的pdf 阅读习惯来说，仅仅会有高亮的习惯。因此readpaper 也并没有将这些内容添加到笔记栏目中，其实也比较合理。

一些建议

零零碎碎的建议

改善用户上传pdf 的体验 现在上传pdf 速度还是比较感人

增加论文获取的来源

与zotero 联动获得更佳体验

修复笔记md 字体显示以及论文笔记页面缺失文章段落的问题

论文集模式下增加子文件夹功能。

图片解析错误问题

群里的一些朋友： @zgj ： 论文集模式是否可以开发一键导入文献的方式，这样可以把某些同类的文章都导入，便于查看也阅读 此外，在这个基础下，可不可以也支持按照标签批量删除的操作呢？

或许可以学习一下R门

researchgate[8] 是国外一个比较好的学术互助平台。

其不仅支持从其他开放平台获取文章，也支持创作者手动上传自己的文章：

另外他们的问题互助平台，也是非常棒的：

或许可以参考一下？

后话

为什么说他低调呢？

因为这么好用的工具，我竟然到现在才发现：

via[9]

官方也提供了相关的联系方式：

有感兴趣的朋友，欢迎加入我的小组：

https://readpaper.com/team/invite/622969908274155520

我发现一个超有用的生物信息学小组小组，来加入小组一起学习吧

君子性非异也，善假于物也。希望这种好用的工具越来越好。

也希望你能在学术道路上一路披荆斩棘。

参考资料

[1]

首页-论文阅读(BETA)-专业的学术讨论社区-粤港澳大湾区数字经济研究院（福田） (http://readpaper.com): https://readpaper.com/

[2]

我们自己做的在线论文阅读神器ReadPaper【硕博科研学术文献综述必备】: https://www.bilibili.com/video/BV1dg411P7De?share_source=copy_web

[3]

Multi-omics profiling of the tumor microenvironment: Paving the way to precision immuno-oncology (http://readpaper.com): https://readpaper.com/paper/2894847707

[4]

Welcome to Unpaywall | Unpaywall: https://unpaywall.org/welcome

[5]

帮助文档-论文阅读(BETA)-专业的学术讨论社区-粤港澳大湾区数字经济研究院（福田） (http://readpaper.com): https://readpaper.com/help#tab=reading

[6]

IOBR: Multi-omics Immuno-Oncology Biological Research to decode tumor microenvironment and signatures (http://readpaper.com):https://readpaper.com/paper/3111610494

[7]

网页的声明: https://nuxt.cdn.readpaper.com/%E7%94%A8%E6%88%B7%E6%89%BF%E8%AF%BA%E5%8F%8AReadpaper%E5%85%8D%E8%B4%A3%E5%A3%B0%E6%98%8E%20%281%29.pdf

[8]

researchgate: https://www.researchgate.net/

[9]

via: https://readpaper.com/help#tab=changelog